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在地球遥远的未来，由于火星附近出现了巨大的能量体，使地球发生了各种变异，从而引发了全球性的战争和恐怖主义，地球在毁灭性的打击下离灭亡只剩下100年。为了赶在100年内离开地球，人类制定了「地球脱出计划」。而为了实现这个计划，又建立了「地球统一政府」以打压异己和集中一切可利用资源；另一方面，为了解决人类智慧和肉体的局限性以保证计划的延续性，又制定了「地球脱出计划」的核心「Felix计划」——通过基因改造，获得高智能的长生不老的生命体，即「Felix」。本作的女主角紫苑（シオン）即为其中一名Felix。国际性战争结束后，原特殊部队成员榛名亮被派往第703研究所，与紫苑邂逅。而亮的任务就是守护这个为「地球脱出计划」奉献了一生的少女，以及限制她的自由，还有守护她前往死亡的乐园……